El 24 de marzo de 1976 se produjo el golpe de Estado que dio origen a la última dictadura cívico-militar. Ese mismo día las instalaciones de la UNLu fueron ocupadas por soldados y autoridades militares. El rector, Emilio Mignone, renunció a su cargo.
Los interventores militares destruyeron libros de la Universidad por considerarlos peligrosos. Muchos fueron salvados gracias a la valentía de trabajadoras dela Biblioteca. El 29 de septiembre de 1976 fue nombrado rector Gerardo Amado, quien había sido miembro de la Comisión Pro Universidad.
La UNLu ya no podría inscribir estudiantes mayores de 25 años sin título secundario. Además, en el ingreso para el año 1977, quienes se anotasen como estudiantes regulares en las distintas carreras debían rendir un examen de ingreso.
Mujeres y hombres que trabajaban o habían trabajado en la Universidad y una estudiante egresada fueron secuestrados y desaparecidos: Mónica Mignone, María Marta Vázquez, César Lugones, Elvira Ellacuria de Del Castillo, Oscar Peralta e Hilda Vergara. ¡Presentes! ¡Ahora y siempre!
El cierre de la Universidad fue anunciado el 20 de diciembre de 1979 por cadena nacional, con argumentos que enmascaraban la verdadera razón del atropello: el proyecto de la UNLu no compatibilizaba con los objetivos de la dictadura.
Hombres y mujeres del quehacer político, cultural y artístico manifestaron su oposición. Entre ellos estuvo León Gieco, quien realizó un recital solidario en Luján para apoyar la causa de los docentes, Nodocentes y estudiantes de la UNLu.
La permanente organización y movilización hizo posible que a finales días de asumir el gobierno en 1983 el presidente Raúl Alfonsín impulsara en el Congreso la reapertura de la Universidad, que lleva al Ave Fénix en su escudo y a los valores democráticos como insignia.